書式に認証コードを明記しても安全なのでしょうか？

勿論です。　当社は認証コードをパスワードや機密書類同等の扱いをしております。　従いまして、認証コードを入力されても、当社ではそれを見ることはできず、カード使用の正当性を立証するために、直接、カード会社に送られます。